在舟山站稳脚跟后，朱以海重新整顿朝纲，他派遣使者敦请原隆武朝吏部尚书张肯堂出山担任大学士，又对各级官员进行了合理调配朱以海在战略上转变为经略浙江，同宁波府四明山寨的王翊、王江、冯京第等义师遥相呼应，预想清军一旦势弱，就反攻大陆。此外，他还一度遣使前往日本寻求援助。
寓居金门顺治八年(1651年)八月，清朝总督陈锦等率兵攻舟山。九月初二城陷，朱以海又在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功。郑成功原为隆武政权的坚决支持者，不满朱以海大敌当前还与隆武帝自相残杀，削弱了抗清的力量，但念朱以海是明朝宗室，还是以礼相待，安排他居住于金门。顺治九年(1652年)，由于郑成功与朱以海之间有所冲突，朱以海便自去监国称号，由旧臣王忠孝、沈佺期等人照顾;之间朱以海一度移居南澳，不久又回金门。顺治十八年(1661年)，朱由榔在云南遇害后，张煌言一度上书朱以海，要求朱以海“争取闽海勋镇，速正大号，以求正统”，但是由于郑成功与郑经的不支持而未成。郑成功死后，朱以海一度无人供奉。康熙元年(1662年)十一月十三日，朱以海在金门被活活饿死，结束了他坎坷的一生。康熙六十年(1721年)，台湾人朱一贵托称为朱以海裔孙，起兵反清，建元永和，追封鲁王谥号侍天制道恭和襄定献文敬武明德肃仁成皇帝，庙号义宗。
